Ο Μανόλης Πεπονάκης κατέχει Διδακτορικό Δίπλωμα (PhD) στην Αναπαράσταση Γνώσης, Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (MSc) στην Επιστήμη της Πληροφορίας, καθώς και Πτυχίο Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Πτυχίο Βιβλιοθηκονομίας και Συστημάτων Πληροφόρησης. Εργάζεται ως Ειδικό Επιστημονικό Προσωπικό στο Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης και Ηλεκτρονικού Περιεχομένου (ΕΚΤ).
Διαθέτει πολυετή εργασιακή εμπειρία που σχετίζεται με μεταδεδομένα φορέων πολιτισμικής κληρονομιάς (GLAM) καθώς και με την Οργάνωση και Αναπαράσταση Γνώσης, έχοντας δημοσιεύσει πλήθος επιστημονικών εργασιών και έχοντας σχεδιάσει και υλοποιήσει πλήθος επιμορφωτικών σεμιναρίων. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εστιάζουν στη μοντελοποίηση κοινωνικοπολιτισμικής (sociocultural) πληροφορίας και στη σημασιολογική διαλειτουργικότητα με έμφαση στον Σημασιολογικό Ιστό (Semantic Web) και στα Διασυνδεδεμένα Δεδομένα (Linked Data), καθώς και στον τρόπο με τον οποίο το συγκεκριμένο οικοσύστημα συμβάλλει στην Ανοικτή Επιστήμη και τη διεπιστημονικότητα.