Τις προτάσεις της για την καλύτερη αξιοποίηση των εθνικών κονδυλίων για την έρευνα διατυπώνει η Ευρωπαϊκή Επιτροπή προς τα κράτη μέλη. Καθώς όλα τα κράτη της ΕΕ αντιμετωπίζουν κοινές προκλήσεις, όπως για παράδειγμα η κλιματική αλλαγή, οι ασθένειες και η ενέργεια, η Επιτροπή προτείνει την υιοθέτηση ενός 'Κοινού Προγραμματισμού' προκειμένου να συγκεντρωθούν οι πόροι, να συντονιστούν οι προσπάθειες των κρατών μελών και να αντιμετωπιστεί η πολυδιάσπαση που χαρακτηρίζει την ευρωπαϊκή έρευνα, μειώνοντας την αποτελεσματικότητά της.
Ο Ευρωπαίος Επίτροπος για την Επιστήμη και την Έρευνα, Janez Potocnik, επισημαίνει ότι 'προκλήσεις όπως η ασφάλεια τροφίμων, η περίθαλψη, τα θαλάσσια οικοσυστήματα και η βιοποικιλότητα, η κλιματική αλλαγή και η ενέργεια δεν περιορίζονται στα σύνορα του κάθε κράτους μέλους. Επομένως, η έρευνα θα πρέπει να γίνεται μέσω υπερεθνικών συνεργασιών. Προφανώς, τα εθνικά ερευνητικά προγράμματα είναι κι αυτά αναγκαία, ωστόσο, σε ορισμένους τομείς στρατηγικής σημασίας, τα εθνικά προγράμματα αλληλοεπικαλύπτονται, σπαταλώντας τους κρίσιμους πόρους που είναι απαραίτητοι ώστε να επιτευχθούν σημαντικά αποτελέσματα. Καθώς ήδη αντιμετωπίζουμε δυσκολίες στο να ανταπεξέλθουμε στο στόχο της Λισαβόνας για επενδύσεις 3% του ΑΕΠ στην έρευνα, θα πρέπει τουλάχιστον να αυξήσουμε τον αντίκτυπο των εθνικών επενδύσεων συντονίζοντας τις ενέργειές μας'.
Με το έγγραφό της 'Προς έναν Κοινό Προγραμματισμό στην Έρευνα: συνεργαζόμαστε για την καλύτερη αντιμετώπιση των κοινών προκλήσεων', η Επιτροπή προτείνει στα κράτη μέλη να καθορίσουν έναν περιορισμένο αριθμό κρίσιμων ερευνητικών τομέων στους οποίους να επικεντρώσουν τις προσπάθειές τους και, στη συνέχεια, να συμφωνήσουν σε ένα κοινό όραμα και να αναπτύξουν και να εφαρμόσουν ένα Στρατηγικό Πρόγραμμα Δράσης για κάθε τομέα.
Η Επιτροπή τονίζει ότι ο Κοινός Προγραμματισμός θα είναι μια διαδικασία οργανωμένη σε εθελοντική βάση και δεν είναι απαραίτητο να περιλαμβάνει όλα τα κράτη μέλη σε κάθε μία από τις πρωτοβουλίες. Μπορεί να αφορά τόσο τον συντονισμό των ήδη υπαρχόντων εθνικών προγραμμάτων, όσο και τη χάραξη νέων, αλλά και στη συγκέντρωση πόρων και στον συλλογικό έλεγχο της προόδου που σημειώνεται. Η Επιτροπή θα παίξει το ρόλο του διαμεσολαβητή σε αυτή τη διαδικασία, χωρίς να συμμετέχει απαραίτητα και στη χρηματοδότηση. Εφόσον αποσπάσει την έγκριση του Συμβουλίου των Υπουργών, η πρωτοβουλία του Κοινού Προγραμματισμού θα αρχίσει να εφαρμόζεται μέχρι το 2010. Το Στρατηγικό Τεχνολογικό Σχέδιο για την Ενέργεια και η Θαλάσσια Ερευνητική Στρατηγική μπορούν να αποτελέσουν «πιλότους» για αυτή την πρωτοβουλία.
Σύμφωνα με τον κ. Potocnik, 'ο Κοινός Προγραμματισμός έχει τη δυνατότητα να αναπτυχθεί σε μηχανισμό τουλάχιστον ίσης σημασίας για την ευρωπαϊκή έρευνα με τα Προγράμματα Πλαίσιο, αλλάζοντας τον τρόπο με τον οποίο οι Ευρωπαίοι αντιλαμβάνονται την έρευνα'.