Ο θεσμικός ρόλος και οι δραστηριότητες του Εθνικού Κέντρου Τεκμηρίωσης και Ηλεκτρονικού Περιεχομένου (ΕΚΤ) αποτυπώνονται στο Ν. 4623/2019, ενώ ιστορικά, η θεσμική του εξέλιξη σκιαγραφείται στα: Π.Δ. 226/1989, το Π.Δ. 347/1996 και το Ν. 3190/30/10/2003 (άρθρο 23), καθώς και το Νόμο 1566/85 (ΦΕΚ 167Α/30-9-1985), (Άρθρο 70, παράγραφος 15). Το ΕΚΤ ανήκει στον ευρύτερο Δημόσιο Τομέα και στους ερευνητικούς φορείς του άρθρου 13α του Ν. 4310/2014, λειτουργεί προς όφελος του δημοσίου συμφέροντος και διέπεται από τους δημοσιονομικούς κανόνες για την Έρευνα.
O Διευθυντής του ΕΚΤ και το Διοικητικό Συμβούλιο του ΕΚΤ (Δ.Σ. ΕΚΤ), αποτελούν τα όργανα Διοίκησης του ΕΚΤ.
Η Οργανωσιακή Δομή του ΕΚΤ, όπως αποτυπώνεται στο Οργανόγραμμα ΕΚΤ, συγκροτείται από δύο (2) Διευθύνσεις και δέκα (10) Τμήματα, ενώ οι δραστηριότητές του εμπίπτουν σε 3 βασικούς πυλώνες-άξονες: Ψηφιακό Περιεχόμενο Επιστήμης, Τεχνολογίας & Πολιτισμού, Τεκμηρίωση με δείκτες και στατιστικά στοιχεία της ελληνικής ερευνητικής, αναπτυξιακής και καινοτομικής δράσης, και Έρευνα, Καινοτομία και Επιχειρηματικότητα (Καινοτομία, μεταφορά και αξιοποίηση γνώση).
Βάσει του Οργανογράμματος του ΕΚΤ, οι κύριες οργανωτικές μονάδες διαρθρώνονται ως εξής:
Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών & Υποδομών, με τα ακόλουθα τμήματα:
- Τμήμα Προσωπικού
- Τμήμα Λογιστηρίου και Οικονομικής Διαχείρισης
- Τμήμα Προμηθειών και Διοικητικής Μέριμνας
- Τμήμα Πληροφορικής
Διεύθυνση Τεκμηρίωσης, Καινοτομίας & Ανάπτυξης, με τα ακόλουθα τμήματα:
- Τμήμα Περιεχομένου
- Τμήμα Παραγωγής Στατιστικών
- Τμήμα Υπηρεσιών Δεδομένων
- Τμήμα Καινοτομίας και Δικτύωσης
- Τμήμα Αμυντικής Καινοτομίας
Επίσης, το Τμήμα Επικοινωνίας και Δημοσίων Σχέσεων.